科研处（学科建设办公室、服务地方办公室、学报编辑部）是在校党委和行政领导下，负责全校科学研究、科技服务、学术交流、产学研合作、知识产权保护、学科建设等日常管理和学报编辑、出版、发行等工作的职能部门。现有工作人员8人，其中处长1人、副处长1人；下设办公室、项目管理科、学报编辑部、学科（学风）建设办公室、科技成果转移转化科（服务地方办公室）5个科室。
科研处的主要工作职责：
1.负责学校科研管理规章制度的制定和落实工作。
2.负责学校科学研究、科技开发和学科建设发展规划的编制及组织实施工作。
3.负责学校各级各类纵向科研项目的申报、立项管理和校设科研项目的评审工作。
4.负责学校横向科研项目的管理工作，组织开展技术合作、科技咨询与服务、科研成果及专利技术的转化和产业化等工作。
5.负责科研经费的管理工作。
6.负责组织各类科技专利的申请和各级科研成果奖的申报工作。
7.负责学校科研成果的统计、审查和奖励工作；负责学校科技统计和社科统计的年报工作。
9.负责组织学校科研基地、协同创新中心、重点学科和重点实验室等的申报和管理工作；负责学校科研机构的建设和管理工作。
10.负责学校知识产权保护工作。
11.负责学校科普和科技创新工作。
12.负责校社科联的日常工作。
13.负责《巢湖学院学报》的编辑、出版和发行工作。
14.负责学位与研究生教育管理工作。
15.完成学校及上级主管部门交办的其它工作。